胚胎学家很早就发现了人工胚胎筛选过程中的这些问题(详见上一篇),并且一直致力于寻找可以提升移植成功率的新方法,因此在80年代就提出了用计算机来辅助这一操作的需求。受制于早期计算机图形学算法和硬件性能,绝大部分的想法和尝试都只是停留在论文层面,无法成为可商用产品。直到近年以来,以深度学习为代表的人工智能技术的出现,重新燃起了用AI辅助胚胎筛选的希望。
目前国际上已经出现了几款商用化的AI工具,可以帮助胚胎学家来评估胚胎质量。其中比较有代表性的包括瑞典Vitrolife公司的KIDScore和iDAScore, 澳大利亚Presagen公司的Life Whisperer,以及以色列Fairtility公司的CHLOE。我们将在本文中对这几种工具的原理做一个简单的介绍。
KIDScore和iDAScore
KIDScore和iDAScore是Vitrolife产品的两个前后版本,目前主推的已经是后者。两款软件均基于Vitrolife自己的Time-lapse培养箱系统,目前不能与其他品牌的硬件配合使用。
早期版本KIDScore基于传统机器学习的算法,分为D3(分裂胚)和D5(囊胚)两个模型。对于D3,胚胎师需要在软件中人工标注出胚胎的关键发育时间点(tPNf, t2, t3, t4, t5, t8,),以及关键参数NOT2PN(是否有两个原核)和66小时的卵裂球数量。对于D5,则需要人工提供时间点(PN, t2, t3, t4, t5, tB),以及输入囊胚的Gardner评分结果(ICM, TE)。软件计算后给出一个综合评分以及排名。从这一过程可以看出,KIDScore机器学习模型的输入就是上述人工标注结果(形态动力学参数),输出为一个综合评分,并不涉及胚胎的影像分析。KIDScore基于决策树的算法构建[1],如下图所示

KIDScore D3 算法决策树
KIDScore仍然依赖人工标注的结果,因此不可避免还是会受到主观性的严重影响,也无法实际帮助胚胎师节省日常工作时间。
iDAScore 是目前Vitrolife力推的AI产品,iDAScore采用了深度学习的算法架构,可以完全实现自动化的标注,不再依赖于人工的标注。iDAScore将Time-lapase所拍摄的图片按时间序列排列后,作为一个整体数据输入模型。根据该公司发表的论文[2],这组数据经过一个三维的CNN神经网络后得到一组特征值序列,然后再经过一个经典的LSTM模型来对这个序列进行分析,最终预测胚胎种植成功的概率。

iDAScore模型的原型图
iDAScore 基于深度学习模型构建算法,实现了全自动化的端到端的胚胎评价(从原始图片直接输出评分结果),是一个真正意义上的AI模型。但也是因为这种端到端模型的黑盒子特性,iDAScore系统无法提供除了最终评分以外的任何特征信息,也就是说它没有办法解释某个胚胎评分的依据。

iDAScore软件的评分结果界面,胚胎师根据评分决定是否移植/冷冻
从目前可以查到的资料来看,KIDScore D3版本单独取得了FDA的510k上市许可(许可证号 K182798)。
Life Whisperer
Life Whisperer 是澳大利亚Presagen公司的一款AI产品,目前提供了两个模块,分别是胚胎的质量评估,以及整倍体的预测。其产品主要以云服务的方式提供,生殖中心可以将自己的图片上传到该公司的服务器获得评分结果。目前主要应用于光学显微镜的照片,不需要昂贵的Time-lapse影像设备。其商业模式为按照评估的图片数量或者胚胎数量收取费用。
根据Life Whisperer所发布的论文[3]来分析,其算法是基于多个深度学习模型的组合[],比如有模型对透明带部分进行评估,有模型对ICM部分进行评估,有模型对整个图片进行评估。最后通过投票等方式来确定最终的总体评估结果。

Life Whisperer 评分报告
从界面上分析,该软件也只提供最终的一个评分,没有给出进一步的解释或者是特征值。整个分析过程对于用户来说仍然是一个黑盒子。而且目前也只应用于光学显微镜下的囊胚评估。
Life Whisperer宣称已经在除美国以外的多个国家和地区(包括澳大利亚、加拿大、日本,欧洲、英国、印度、香港、马来西亚、泰国、越南等)获得了销售许可。该公司产品已通过欧盟HIPAA/GDPR 和 ISO 13485 的CE认证,不过这类认证仅用于保证产品的数据安全性,并不是医疗器械类的认证。
Chloe
相较于老牌厂家Vitrolife和早在2017年就开始起步的Life Whisperer团队,位于以色列特拉维夫的Fairtility成立于2019年,但其融资速度迅速,目前已经筹集了1850 万美金的风险投资(A轮),充分体现了资本市场对于这个领域的看好。
Fairtility 的辅助生殖AI产品名为Chloe,虽然理论上可以与不同品牌的培养箱对接,但目前看到这款软件的DEMO还是基于Vitrolife Time-lapse培养箱的影像来做分析,至少说明前期模型都是基于vitrolife的影像来建模的。也有传言他们的团队部分成员来自Vitrolife。
从该团队发表的论文[4]分析其模型如下:
首先对原始图片先用UNET模型做一次语义分割,把透明带以内的区域分离出来,如下图所示:

基于UNET的语义分割
模型基于Time-lapse延时显微镜拍摄的图片,不同的样本图片实际对应了不同的胚胎时刻。因此模型中采用了一种multi-head的结构,用不同的分支来预测不同时刻的图片

上述模型的预测结果,再输入一个ARIMA时域模型来进行最后的评分预测,以此来融合前面多个时刻的信息。从下图中整体的模型描述来看,Chloe利用语义分割预处理,用不同模型得到不同部位的评分,将所有这些结果在时域上融合处理后得到最终的分数。

理论上Chloe的产品可以对任何时刻的胚胎图片进行评估,当然实验证明只有在D3以后的评估结果才有实际价值,在此之前的AUC值都非常低。另外Chloe还提供了一套相对完善的软件功能,可以较好的将病例信息、胚胎信息、影像资料和评估结果结合在一起,也就是所谓的电子病历系统EMR(electronic medical record),这种方式可以让胚胎师在一个系统里保存、浏览和分析胚胎相关的数据,提高工作效率。

Chloe的一些软件界面
Chloe 宣称自己是第一个基于透明AI 的辅助生殖数据分析工具,它所宣称的“透明AI”包括以下几个要点:
1. Accountability 可信。用正确的方法训练出的机器学习模型
2. Fairness 公平。基于大样本、多中心、全球化、无偏见的数据集
3. Robustness & Reliability 稳定可靠。 经过全球同行评议认可的结果。
Chloe已经获得欧盟关于医疗设备的CE认证 Medical Device Regulation (EU) 2017/745.
总结
本文简单介绍了全球范围内可以见到的三家准商用的AI胚胎评估系统,实际上在这个方向上还有大量的科技机构、院校做了很多杰出的工作,但是大都还停留在论文或者demo阶段,离落地还有相当距离,因此未在本文讨论范围中。
本文没有去比较这三个系统各自的准确率、活产率等指标。主要是因为目前还没有人在统一的条件下去做对比实验。厂家各自发表的结果都是在自己合作的生殖中心、特定的数据集下的成果,直接对比并不公平也没有意义。但根据近年来发表的一系列回顾性对比研究结果来看,采用自动化AI评估系统可以有效提升最终的种植率,这一结论是毋庸置疑的。
如前面提到的,端到端的医学影像深度学习模型有一个固有的缺陷,就是缺乏可解释性,这一点大大阻碍了市场对于此类产品的接受程度。上述三个产品实际上都存在这个问题,对于胚胎评估只能给出一个最终的评分,无法有效提供更进一步的原理和参数解释。应该说推出较晚的Chloe系统已经意识到了这一点,该产品提出了“透明AI”的概念,但深究这个概念的内涵,仍然是隔靴搔痒。
如果我们只能从总体统计意义上说明一种工具的有效性,而无法对具体的个体分析过程进行解释,那么针对具体个体给出的评分的可信度就会大打折扣。
到目前为止,这几款产品的临床实验都还是回顾性的,没有真正前瞻性的实验报告。AI产品的有效性已经被开发者认可,但如何取得广大胚胎学家、临床医师认可仍然是一个巨大的挑战。
参考文献
[1] Petersen BM, Boel M, Montag M, Gardner DK. Development of a generally applicable morphokinetic algorithm capable of predicting the implantation potential of embryos transferred on Day 3. Hum Reprod 2016;31:2231–2244.
[2] Tran D, Cooke S, Illingworth PJ, Gardner DK. Deep learning as a predictive tool for fetal heart pregnancy following time-lapse incubation and blastocyst transfer. Hum Reprod. 2019 Jun 4;34(6):1011-1018.
[3] VerMilyea M, Hall JMM, Diakiw SM, Johnston A, Nguyen T, Perugini D, Miller A, Picou A, Murphy AP, Perugini M. Development of an artificial intelligence-based assessment model for prediction of embryo viability using static images captured by optical light microscopy during IVF. Hum Reprod. 2020 Apr 28;35(4):770-784.
[4] Erlich, I., Ben-Meir, A., Har-Vardi, I.et al. Pseudo contrastive labeling for predicting IVF embryo developmental potential. Sci Rep 12, 2488 (2022).